За одделни категории на лични податоци со Законот за заштита на личните податоци е предвидена посебна заштита, како што се:
- расно потекло;

- религиозно уверување;
- политичко мислење;
- национална припадност;
- членство во синдикална организација;
- податоци за здравствената состојба;
- биометриските податоци; и
- податоци за сексуалниот живот.
Посебната заштита која ја уживаат овие категории на лични податоци произлегува од фактот што со нивната злоупотреба и неовластено користење и откривање се кршат и останатите фундаментални човекови права, а не само освен правото на заштита на личните податоци.
Обработката на посебните категории лични податоци е забранета, освен:
- Кога физичкото лице писмено ќе се согласи;
- Кога е потребно спроведување на конкретни права и обврски од областа на трудовото право;
- Кога обработката е потребна за заштита на животот или на физичкиот и морален интегритет на субјектот на личните податоци;
- Кога физичкото лице претходно јавно ги објавило;
- Кога тоа е потребно заради стекнување, остварување и заштита на правата на физичкото лице во постапка пред надлежни органи;
- За медицинска превенција, дијагноза, лекување или управување со здравствена установа и се врши од страна на лице чија професија е давање здравствена заштита под заклетва на чување на тајност на податоците за кое дознало во вршењето на неговата професија итн.